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La cordillera andina se formó debido a la subducción de la corteza oceánica del Pacífico por debajo de la masa continental de Sur américa. Ese proceso, que se inició a comienzos del Jurásico, hace unos 200 millones de años y continúa hasta hoy, produjo la deformación estructural y empujó hacia arriba todo el margen occidental del subcontinente, dando origen a la cadena montañosa más larga del mundo.
Aunque la cordillera Central fue la primera en levantarse en el sistema andino colombiano, todo el proceso secuencial de formación de las tres cordilleras determinó las características y la identidad de la flora y la fauna.
Actualmente los estudios realizados en la cordillera andina demuestran que la des glaciación es un fenómeno que se extiende en toda la cordillera, pero que es más evidente en los Andes Tropicales y esto va asociado con la alteración del régimen hídrico y los problemas de abastecimiento de agua para uso agrícola.