Using the knowledge in computational language in C++ it is possible to write a code that Out of range atoms:
<h3>Writting the code in C++:</h3>
<em>#include <cmath></em>
<em>#include "pppm_tip4p.h"</em>
<em>#include "atom.h"</em>
<em>#include "domain.h"</em>
<em>#include "force.h"</em>
<em>#include "memory.h"</em>
<em>#include "error.h"</em>
<em>#include "math_const.h"</em>
<em />
<em>using namespace LAMMPS_NS;</em>
<em>using namespace MathConst;</em>
<em />
<em>#define OFFSET 16384</em>
<em />
<em>#ifdef FFT_SINGLE</em>
<em>#define ZEROF 0.0f</em>
<em>#define ONEF 1.0f</em>
<em>#else</em>
<em>#define ZEROF 0.0</em>
<em>#define ONEF 1.0</em>
<em>#endif</em>
<em />
<em>void PPPMTIP4P::init()</em>
<em>{</em>
<em> // TIP4P PPPM requires newton on, b/c it computes forces on ghost atoms</em>
<em />
<em> if (force->newton == 0)</em>
<em> error->all(FLERR,"Kspace style pppm/tip4p requires newton on");</em>
<em />
<em> PPPM::init();</em>
<em>}</em>
<em />
<em>void PPPMTIP4P::particle_map()</em>
<em>{</em>
<em> int nx,ny,nz,iH1,iH2;</em>
<em> double *xi,xM[3];</em>
<em />
<em> int *type = atom->type;</em>
<em> double **x = atom->x;</em>
<em> int nlocal = atom->nlocal;</em>
<em />
<em> if (!std::isfinite(boxlo[0]) || !std::isfinite(boxlo[1]) || !std::isfinite(boxlo[2]))</em>
<em> error->one(FLERR,"Non-numeric box dimensions - simulation unstable");</em>
<em />
<em> int flag = 0;</em>
<em> for (int i = 0; i < nlocal; i++) {</em>
<em> if (type[i] == typeO) {</em>
<em> find_M(i,iH1,iH2,xM);</em>
<em> xi = xM;</em>
<em> } else xi = x[i];</em>
<em />
<em> nx = static_cast<int> ((xi[0]-boxlo[0])*delxinv+shift) - OFFSET;</em>
<em> ny = static_cast<int> ((xi[1]-boxlo[1])*delyinv+shift) - OFFSET;</em>
<em> nz = static_cast<int> ((xi[2]-boxlo[2])*delzinv+shift) - OFFSET;</em>
<em />
<em> part2grid[i][0] = nx;</em>
<em> part2grid[i][1] = ny;</em>
<em> part2grid[i][2] = nz;</em>
<em />
<em> if (nx+nlower < nxlo_out || nx+nupper > nxhi_out ||</em>
<em> ny+nlower < nylo_out || ny+nupper > nyhi_out ||</em>
<em> nz+nlower < nzlo_out || nz+nupper > nzhi_out) flag++;</em>
<em> }</em>
<em />
<em> int flag_all;</em>
<em> MPI_Allreduce(&flag,&flag_all,1,MPI_INT,MPI_SUM,world);</em>
<em> if (flag_all) error->all(FLERR,"Out of range atoms - cannot compute PPPM");</em>
<em>}</em>
<em>void PPPMTIP4P::make_rho()</em>
<em>{</em>
<em> int i,l,m,n,nx,ny,nz,mx,my,mz,iH1,iH2;</em>
<em> FFT_SCALAR dx,dy,dz,x0,y0,z0;</em>
<em> double *xi,xM[3];</em>
<em />
<em> FFT_SCALAR *vec = &density_brick[nzlo_out][nylo_out][nxlo_out];</em>
<em> for (i = 0; i < ngrid; i++) vec[i] = ZEROF;</em>
<em />
<em> int *type = atom->type;</em>
<em> double *q = atom->q;</em>
<em> double **x = atom->x;</em>
<em> int nlocal = atom->nlocal;</em>
<em />
<em> for (int i = 0; i < nlocal; i++) {</em>
<em> if (type[i] == typeO) {</em>
<em> find_M(i,iH1,iH2,xM);</em>
<em> xi = xM;</em>
<em> } else xi = x[i];</em>
<em />
<em> nx = part2grid[i][0];</em>
<em> ny = part2grid[i][1];</em>
<em> nz = part2grid[i][2];</em>
<em> dx = nx+shiftone - (xi[0]-boxlo[0])*delxinv;</em>
<em> dy = ny+shiftone - (xi[1]-boxlo[1])*delyinv;</em>
<em> dz = nz+shiftone - (xi[2]-boxlo[2])*delzinv;</em>
<em />
<em> compute_rho1d(dx,dy,dz);</em>
<em />
<em> z0 = delvolinv * q[i];</em>
<em> for (n = nlower; n <= nupper; n++) {</em>
<em> mz = n+nz;</em>
<em> y0 = z0*rho1d[2][n];</em>
<em> for (m = nlower; m <= nupper; m++) {</em>
<em> my = m+ny;</em>
<em> x0 = y0*rho1d[1][m];</em>
<em> for (l = nlower; l <= nupper; l++) {</em>
<em> mx = l+nx;</em>
<em> density_brick[mz][my][mx] += x0*rho1d[0][l];</em>
<em> }</em>
<em> }</em>
<em> }</em>
<em> }</em>
<em>}</em>
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#SPJ1
