Il y a beaucoup de gratte-ciels dans ma ville is correct
Either : Il y a des gratte-ciels
OR
il y a beaucoup de gratte-ciels
You never write an article before "beaucoup" and when a name is following "beaucoup", it's always "de" partitive article = "beaucoup de" de = partitive article for "de les" Beaucoup de gens (de les) beaucoup de monde (de le) beaucoup de voitures (de les) beaucoup d'eau (de l')