Los microorganismos son muy importantes en el ciclo del carbono porque descomponen la materia orgánica. Esta descomposición de la materia orgánica se llama descomposición. Este proceso devuelve carbono al suelo. Si estos organismos no desempeñan su papel, el ciclo del carbono estará incompleto porque el carbono no se devuelve al suelo como materia orgánica.
En el ciclo del nitrógeno, las bacterias nitrificantes atrapan y fijan el nitrógeno atmosférico en el suelo, mientras que las bacterias desnitrificantes convierten los nitratos del suelo en nitrógeno. Las actividades de estos microorganismos mantienen el equilibrio del hidrógeno en el ciclo del nitrógeno.
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