El estudio comparado del desarrollo de los embriones aportaría, según el Darwinismo, otra de las pruebas clásicas en favor de la evolución. Al parecer, determinadas similitudes entre embriones de peces, aves, mamíferos y seres humanos demostrarían que todos ellos descenderían de antepasados comunes parecidos a los peces. <span>Darwin </span>lo explicaba así:
"De dos o más grupos de animales, aunque difieran mucho entre sí por su conformación y costumbres en el estado de adultos, por las fases de embrionarias muy semejantes, pueden estar seguros de que todos ellos son descienden de una misma forma madre y, por que tienen estrecho parentesco. Así, pues, la comunidad de la estructura embrionaria revela la comunidad de origen; [...] La embriología aumenta mucho el interés cuando se considera el embrión como un retrato, más o menos borroso, el progenitor de todos los miembros de una sola gran clase "
